C# Класс Morpheus.DatabaseSearcher

Показать файл Открыть проект Примеры использования класса

Открытые методы

Метод	Описание
DatabaseSearcher ( IList dataFilepaths, int minimumAssumedPrecursorChargeState, int maximumAssumedPrecursorChargeState, double absoluteThreshold, double relativeThresholdPercent, int maximumNumberOfPeaks, bool assignChargeStates, bool deisotope, string proteomeDatabaseFilepath, bool onTheFlyDecoys, Protease protease, int maximumMissedCleavages, InitiatorMethionineBehavior initiatorMethionineBehavior, IEnumerable fixedModifications, IEnumerable variableModifications, int maximumVariableModificationIsoforms, MassTolerance precursorMassTolerance, MassType precursorMassType, IEnumerable acceptedPrecursorMassErrors, MassTolerance productMassTolerance, MassType productMassType, double maximumFalseDiscoveryRate, bool considerModifiedFormsAsUniquePeptides, int maximumThreads, bool minimizeMemoryUsage, string outputFolder ) : System
Search ( ) : void

Защищенные методы

Метод	Описание
OnFinished ( EventArgs e ) : void
OnFinishedFile ( FilepathEventArgs e ) : void
OnReportTaskWithProgress ( EventArgs e ) : void
OnReportTaskWithoutProgress ( EventArgs e ) : void
OnStarting ( EventArgs e ) : void
OnStartingFile ( FilepathEventArgs e ) : void
OnThrowException ( ExceptionEventArgs e ) : void
OnUpdateProgress ( ProgressEventArgs e ) : void
OnUpdateStatus ( StatusEventArgs e ) : void

Приватные методы

Метод	Описание
DetermineSemiAggregateParentFolders ( ICollection dataFilepaths ) : HashSet>.SortedList
DoSearch ( ) : void
HandleReportTaskWithProgress ( object sender, EventArgs e ) : void
HandleReportTaskWithoutProgress ( object sender, EventArgs e ) : void
HandleUpdateProgress ( object sender, ProgressEventArgs e ) : void

Описание методов

DatabaseSearcher() публичный Метод

public DatabaseSearcher ( IList dataFilepaths, int minimumAssumedPrecursorChargeState, int maximumAssumedPrecursorChargeState, double absoluteThreshold, double relativeThresholdPercent, int maximumNumberOfPeaks, bool assignChargeStates, bool deisotope, string proteomeDatabaseFilepath, bool onTheFlyDecoys, Protease protease, int maximumMissedCleavages, InitiatorMethionineBehavior initiatorMethionineBehavior, IEnumerable fixedModifications, IEnumerable variableModifications, int maximumVariableModificationIsoforms, MassTolerance precursorMassTolerance, MassType precursorMassType, IEnumerable acceptedPrecursorMassErrors, MassTolerance productMassTolerance, MassType productMassType, double maximumFalseDiscoveryRate, bool considerModifiedFormsAsUniquePeptides, int maximumThreads, bool minimizeMemoryUsage, string outputFolder ) : System
dataFilepaths	IList
minimumAssumedPrecursorChargeState	int
maximumAssumedPrecursorChargeState	int
absoluteThreshold	double
relativeThresholdPercent	double
maximumNumberOfPeaks	int
assignChargeStates	bool
deisotope	bool
proteomeDatabaseFilepath	string
onTheFlyDecoys	bool
protease	Protease
maximumMissedCleavages	int
initiatorMethionineBehavior	InitiatorMethionineBehavior
fixedModifications	IEnumerable
variableModifications	IEnumerable
maximumVariableModificationIsoforms	int
precursorMassTolerance	MassTolerance
precursorMassType	MassType
acceptedPrecursorMassErrors	IEnumerable
productMassTolerance	MassTolerance
productMassType	MassType
maximumFalseDiscoveryRate	double
considerModifiedFormsAsUniquePeptides	bool
maximumThreads	int
minimizeMemoryUsage	bool
outputFolder	string
Результат	System

OnFinished() защищенный Метод

protected OnFinished ( EventArgs e ) : void
e	System.EventArgs
Результат	void

OnFinishedFile() защищенный Метод

protected OnFinishedFile ( FilepathEventArgs e ) : void
e	FilepathEventArgs
Результат	void

OnReportTaskWithProgress() защищенный Метод

protected OnReportTaskWithProgress ( EventArgs e ) : void
e	System.EventArgs
Результат	void

OnReportTaskWithoutProgress() защищенный Метод

protected OnReportTaskWithoutProgress ( EventArgs e ) : void
e	System.EventArgs
Результат	void

OnStarting() защищенный Метод

protected OnStarting ( EventArgs e ) : void
e	System.EventArgs
Результат	void

OnStartingFile() защищенный Метод

protected OnStartingFile ( FilepathEventArgs e ) : void
e	FilepathEventArgs
Результат	void

OnThrowException() защищенный Метод

protected OnThrowException ( ExceptionEventArgs e ) : void
e	ExceptionEventArgs
Результат	void

OnUpdateProgress() защищенный Метод

protected OnUpdateProgress ( ProgressEventArgs e ) : void
e	ProgressEventArgs
Результат	void

OnUpdateStatus() защищенный Метод

protected OnUpdateStatus ( StatusEventArgs e ) : void
e	StatusEventArgs
Результат	void

Search() публичный Метод

public Search ( ) : void
Результат	void