C# Класс Coon.Compass.TagQuant.TagQuant

Показать файл Открыть проект Примеры использования класса

Открытые свойства

Свойство	Тип	Описание
CalculatePurity	bool
DontQuantifyETD	bool
ETDQuantPosition	int
FtMassTolerance	CSMSL.Tolerance
InputFiles	List
ItMassTolerance	CSMSL.Tolerance
MS3Quant	bool
NoisebandCap	bool
OutputDirectory	string
PurityMatrices	IsobaricTagPurityCorrection>.Dictionary
PurityWindowInTh	double
RawFileDirectory	string
RawFiles	ThermoRawFile>.Dictionary
UsedTags	TagInformation>.SortedList

Открытые методы

Метод	Описание
Run ( ) : void
TagQuant ( string outputDirectory, string rawFileDirectory, IEnumerable inputFiles, IEnumerable tags, Tolerance itTolerance, Tolerance ftTolerance, bool isMS3Quant = false, int etdQuantPosition, bool nosiebasecap = false, bool isETDQuantified = true, bool calculatePurity = false ) : System

Защищенные методы

Метод	Описание
OnUpdateLog ( string message ) : void

Приватные методы

Метод	Описание
BuildPurityMatrixes ( IEnumerable inputTags ) : void
DeterminePurity ( MSDataScan scan, double mz, int charge, DoubleRange isolationRange ) : double
LoadFiles ( IEnumerable filePaths, bool ms3Quant = false ) : IEnumerable
Log ( string msg ) : void
Normalize ( IEnumerable quantFiles ) : void
OnProgressUpdate ( int percent ) : void
PurityCorrect ( IEnumerable peaks, bool isDecoy ) : void
WriteLog ( ) : void
WriteOutputFiles ( IEnumerable quantFiles ) : void

Описание методов

OnUpdateLog() защищенный Метод

protected OnUpdateLog ( string message ) : void
message	string
Результат	void

Run() публичный Метод

public Run ( ) : void
Результат	void

TagQuant() публичный Метод

public TagQuant ( string outputDirectory, string rawFileDirectory, IEnumerable inputFiles, IEnumerable tags, Tolerance itTolerance, Tolerance ftTolerance, bool isMS3Quant = false, int etdQuantPosition, bool nosiebasecap = false, bool isETDQuantified = true, bool calculatePurity = false ) : System
outputDirectory	string
rawFileDirectory	string
inputFiles	IEnumerable
tags	IEnumerable
itTolerance	CSMSL.Tolerance
ftTolerance	CSMSL.Tolerance
isMS3Quant	bool
etdQuantPosition	int
nosiebasecap	bool
isETDQuantified	bool
calculatePurity	bool
Результат	System

Описание свойств

CalculatePurity публичное свойство

public bool CalculatePurity
Результат	bool

DontQuantifyETD публичное свойство

public bool DontQuantifyETD
Результат	bool

ETDQuantPosition публичное свойство

public int ETDQuantPosition
Результат	int

FtMassTolerance публичное свойство

public Tolerance,CSMSL FtMassTolerance
Результат	CSMSL.Tolerance

InputFiles публичное свойство

public List InputFiles
Результат	List

ItMassTolerance публичное свойство

public Tolerance,CSMSL ItMassTolerance
Результат	CSMSL.Tolerance

MS3Quant публичное свойство

public bool MS3Quant
Результат	bool

NoisebandCap публичное свойство

public bool NoisebandCap
Результат	bool

OutputDirectory публичное свойство

public string OutputDirectory
Результат	string

PurityMatrices публичное свойство

public Dictionary PurityMatrices
Результат	IsobaricTagPurityCorrection>.Dictionary

PurityWindowInTh публичное свойство

public double PurityWindowInTh
Результат	double

RawFileDirectory публичное свойство

public string RawFileDirectory
Результат	string

RawFiles публичное свойство

public Dictionary RawFiles
Результат	ThermoRawFile>.Dictionary

UsedTags публичное свойство

public SortedList UsedTags
Результат	TagInformation>.SortedList