C# Класс Coon.Compass.DatabaseMaker.DatabaseMaker

Показать файл Открыть проект Примеры использования класса

Открытые свойства

Свойство Тип Описание
LOG_FILENAME string
MAKEBLASTDB_FILENAME string

Открытые методы

Метод Описание
CreateDatabase ( ) : void
DatabaseMaker ( DatabaseMakerOptions options ) : System
DisplayVerboseOptions ( bool verboseOptions, DatabaseMakerOptions Options ) : void
MakeBlastDatabase ( string outputfolder, string infile, string outfile ) : void
WriteFasta ( string fasta_file, FastaWriter Writer ) : void

Приватные методы

Метод Описание
GenerateLog ( string outputDirectory, string logFileName = "DatabaseMaker.log" ) : void

Generates a log file detailing the parameters used
InvalidHeader ( Fasta fasta ) : void

Описание методов

CreateDatabase() публичный Метод

public CreateDatabase ( ) : void
Результат void

DatabaseMaker() публичный Метод

public DatabaseMaker ( DatabaseMakerOptions options ) : System
options DatabaseMakerOptions
Результат System

DisplayVerboseOptions() публичный Метод

public DisplayVerboseOptions ( bool verboseOptions, DatabaseMakerOptions Options ) : void
verboseOptions bool
Options DatabaseMakerOptions
Результат void

MakeBlastDatabase() публичный статический Метод

public static MakeBlastDatabase ( string outputfolder, string infile, string outfile ) : void
outputfolder string
infile string
outfile string
Результат void

WriteFasta() публичный Метод

public WriteFasta ( string fasta_file, FastaWriter Writer ) : void
fasta_file string
Writer CSMSL.IO.FastaWriter
Результат void

Описание свойств

LOG_FILENAME публичное статическое свойство

public static string LOG_FILENAME
Результат string

MAKEBLASTDB_FILENAME публичное статическое свойство

public static string MAKEBLASTDB_FILENAME
Результат string