C# Класс CanvasCommon.CopyNumberOracle

This class represents a set of known copy number calls ("truth set"), useful for training models.

Показать файл Открыть проект Примеры использования класса

Открытые свойства

Свойство	Тип	Описание
KnownCN	List>.Dictionary

Открытые методы

Метод	Описание
GetKnownCNForSegment ( CanvasSegment segment ) : int
GetKnownClonalityForSegment ( CanvasSegment segment ) : double
LoadKnownCN ( string oraclePath ) : void

Защищенные методы

Метод	Описание
LoadKnownCNBed ( string oracleBedPath ) : void	Load known CN data from a .bed file. File lines have fields: chromosome, start, end, chromcountA, chromcountB So, copy number is the sum of the last 2 fields, major chromosome count is the max of the last 2 fields.
LoadKnownCNVCF ( string oracleVCFPath ) : void

Описание методов

GetKnownCNForSegment() публичный Метод

public GetKnownCNForSegment ( CanvasSegment segment ) : int
segment	CanvasSegment
Результат	int

GetKnownClonalityForSegment() публичный Метод

public GetKnownClonalityForSegment ( CanvasSegment segment ) : double
segment	CanvasSegment
Результат	double

LoadKnownCN() публичный Метод

public LoadKnownCN ( string oraclePath ) : void
oraclePath	string
Результат	void

LoadKnownCNBed() защищенный Метод

Load known CN data from a .bed file. File lines have fields: chromosome, start, end, chromcountA, chromcountB So, copy number is the sum of the last 2 fields, major chromosome count is the max of the last 2 fields.

protected LoadKnownCNBed ( string oracleBedPath ) : void
oracleBedPath	string
Результат	void

LoadKnownCNVCF() защищенный Метод

protected LoadKnownCNVCF ( string oracleVCFPath ) : void
oracleVCFPath	string
Результат	void

Описание свойств

KnownCN публичное свойство

public Dictionary> KnownCN
Результат	List>.Dictionary