C# Класс Coon.Compass.DtaGenerator.DtaGenerator

Показать файл Открыть проект Примеры использования класса

Открытые свойства

Свойство Тип Описание
CleanPrecursorHighMz double
CleanPrecursorLowMz double
EtdHighDa double
EtdLowDa double
IncludeLog bool
NeutralLossesIncluded bool
RangesToRemove List

Открытые методы

Метод Описание
CleanETD ( List rangesToRemove, double precursorMass, int precursorZ, double lowWindow, double highWindow ) : void
CleanPrecursor ( List rangesToRemove, double precursorMZ, double lowWindow = LOW_PRECURSOR_CLEANING_WINDOW_MZ, double highWidnow = HIGH_PRECURSOR_CLEANING_WINDOW_MZ ) : void
DtaGenerator ( IList rawFilepaths, int minimumAssumedPrecursorChargeState, int maximumAssumedPrecursorChargeState, bool cleanPrecursor, bool enableEtdPreProcessing, bool cleanTmtDuplex, bool cleanItraq4Plex, bool cleanTmt6Plex, bool cleanItraq8Plex, bool groupByActivationEnergyTime, bool sequestDtaOutput, bool omssaTxtOutput, bool mascotMgfOutput, string outputFolder, List neutralLosses, List rangesToRemove, bool includeLog = true, double clnPrecursorLowMz = LOW_PRECURSOR_CLEANING_WINDOW_MZ, double clnPrecursorHighMz = HIGH_PRECURSOR_CLEANING_WINDOW_MZ, double etdLowDa = LOW_NEUTRAL_LOSS_CLEANING_WINDOW_DA, double etdHighDa = HIGH_PRECURSOR_CLEANING_WINDOW_MZ ) : System
GenerateDtas ( ) : void

Защищенные методы

Метод Описание
onFinished ( EventArgs e ) : void
onFinishedFile ( FilepathEventArgs e ) : void
onStartingFile ( FilepathEventArgs e ) : void
onThrowException ( ExceptionEventArgs e ) : void
onUpdateProgress ( ) : void

Приватные методы

Метод Описание
AllIndicesOf ( string s, char c ) : IEnumerable
ProcessFile ( string msDataFile, bool includeLog = false, bool groupByFragmentation = true ) : void

Описание методов

CleanETD() публичный статический Метод

public static CleanETD ( List rangesToRemove, double precursorMass, int precursorZ, double lowWindow, double highWindow ) : void
rangesToRemove List
precursorMass double
precursorZ int
lowWindow double
highWindow double
Результат void

CleanPrecursor() публичный статический Метод

public static CleanPrecursor ( List rangesToRemove, double precursorMZ, double lowWindow = LOW_PRECURSOR_CLEANING_WINDOW_MZ, double highWidnow = HIGH_PRECURSOR_CLEANING_WINDOW_MZ ) : void
rangesToRemove List
precursorMZ double
lowWindow double
highWidnow double
Результат void

DtaGenerator() публичный Метод

public DtaGenerator ( IList rawFilepaths, int minimumAssumedPrecursorChargeState, int maximumAssumedPrecursorChargeState, bool cleanPrecursor, bool enableEtdPreProcessing, bool cleanTmtDuplex, bool cleanItraq4Plex, bool cleanTmt6Plex, bool cleanItraq8Plex, bool groupByActivationEnergyTime, bool sequestDtaOutput, bool omssaTxtOutput, bool mascotMgfOutput, string outputFolder, List neutralLosses, List rangesToRemove, bool includeLog = true, double clnPrecursorLowMz = LOW_PRECURSOR_CLEANING_WINDOW_MZ, double clnPrecursorHighMz = HIGH_PRECURSOR_CLEANING_WINDOW_MZ, double etdLowDa = LOW_NEUTRAL_LOSS_CLEANING_WINDOW_DA, double etdHighDa = HIGH_PRECURSOR_CLEANING_WINDOW_MZ ) : System
rawFilepaths IList
minimumAssumedPrecursorChargeState int
maximumAssumedPrecursorChargeState int
cleanPrecursor bool
enableEtdPreProcessing bool
cleanTmtDuplex bool
cleanItraq4Plex bool
cleanTmt6Plex bool
cleanItraq8Plex bool
groupByActivationEnergyTime bool
sequestDtaOutput bool
omssaTxtOutput bool
mascotMgfOutput bool
outputFolder string
neutralLosses List
rangesToRemove List
includeLog bool
clnPrecursorLowMz double
clnPrecursorHighMz double
etdLowDa double
etdHighDa double
Результат System

GenerateDtas() публичный Метод

public GenerateDtas ( ) : void
Результат void

onFinished() защищенный Метод

protected onFinished ( EventArgs e ) : void
e System.EventArgs
Результат void

onFinishedFile() защищенный Метод

protected onFinishedFile ( FilepathEventArgs e ) : void
e FilepathEventArgs
Результат void

onStartingFile() защищенный Метод

protected onStartingFile ( FilepathEventArgs e ) : void
e FilepathEventArgs
Результат void

onThrowException() защищенный Метод

protected onThrowException ( ExceptionEventArgs e ) : void
e ExceptionEventArgs
Результат void

onUpdateProgress() защищенный Метод

protected onUpdateProgress ( ) : void
Результат void

Описание свойств

CleanPrecursorHighMz публичное свойство

public double CleanPrecursorHighMz
Результат double

CleanPrecursorLowMz публичное свойство

public double CleanPrecursorLowMz
Результат double

EtdHighDa публичное свойство

public double EtdHighDa
Результат double

EtdLowDa публичное свойство

public double EtdLowDa
Результат double

IncludeLog публичное статическое свойство

public static bool IncludeLog
Результат bool

NeutralLossesIncluded публичное статическое свойство

public static bool NeutralLossesIncluded
Результат bool

RangesToRemove публичное свойство

public List RangesToRemove
Результат List