C# Класс CSMSL.IO.PsmReader

Наследование: IDisposable
Показать файл Открыть проект

Защищенные свойства (Protected)

Свойство Тип Описание
_dataFiles MSDataFile>.Dictionary
_disposed bool
_extraColumns List
_fixedMods List
_proteins Protein>.Dictionary
_variableMods IMass>.Dictionary

Открытые методы

Метод Описание
AddFixedModification ( Modification modification ) : IMass
AddFixedModifications ( IEnumerable modifications ) : void
AddMSDataFile ( MSDataFile dataFile ) : void
AddMSDataFiles ( IEnumerable dataFiles ) : void
AddVariableModification ( IMass modification, string name ) : void
AddVariableModification ( string chemicalFormula, string name ) : void
Dispose ( ) : void
LoadProteins ( IEnumerable proteins ) : void
LoadProteins ( string fastaFile ) : void
ReadExtra ( string p ) : void
ReadNextPsm ( ) : IEnumerable

Защищенные методы

Метод Описание
Dispose ( bool disposing ) : void
PsmReader ( string filePath ) : System
SetFixedMods ( AminoAcidPolymer peptide ) : void
SetVariableMods ( AminoAcidPolymer peptide, string modname, int residue ) : void

Описание методов

AddFixedModification() публичный метод

public AddFixedModification ( Modification modification ) : IMass
modification Modification
Результат IMass

AddFixedModifications() публичный метод

public AddFixedModifications ( IEnumerable modifications ) : void
modifications IEnumerable
Результат void

AddMSDataFile() публичный метод

public AddMSDataFile ( MSDataFile dataFile ) : void
dataFile MSDataFile
Результат void

AddMSDataFiles() публичный метод

public AddMSDataFiles ( IEnumerable dataFiles ) : void
dataFiles IEnumerable
Результат void

AddVariableModification() публичный метод

public AddVariableModification ( IMass modification, string name ) : void
modification IMass
name string
Результат void

AddVariableModification() публичный метод

public AddVariableModification ( string chemicalFormula, string name ) : void
chemicalFormula string
name string
Результат void

Dispose() публичный метод

public Dispose ( ) : void
Результат void

Dispose() защищенный метод

protected Dispose ( bool disposing ) : void
disposing bool
Результат void

LoadProteins() публичный метод

public LoadProteins ( IEnumerable proteins ) : void
proteins IEnumerable
Результат void

LoadProteins() публичный метод

public LoadProteins ( string fastaFile ) : void
fastaFile string
Результат void

PsmReader() защищенный метод

protected PsmReader ( string filePath ) : System
filePath string
Результат System

ReadExtra() публичный метод

public ReadExtra ( string p ) : void
p string
Результат void

ReadNextPsm() публичный абстрактный метод

public abstract ReadNextPsm ( ) : IEnumerable
Результат IEnumerable

SetFixedMods() защищенный метод

protected SetFixedMods ( AminoAcidPolymer peptide ) : void
peptide AminoAcidPolymer
Результат void

SetVariableMods() защищенный метод

protected SetVariableMods ( AminoAcidPolymer peptide, string modname, int residue ) : void
peptide AminoAcidPolymer
modname string
residue int
Результат void

Описание свойств

_dataFiles защищенное свойство

protected Dictionary> _dataFiles
Результат MSDataFile>.Dictionary

_disposed защищенное свойство

protected bool _disposed
Результат bool

_extraColumns защищенное свойство

protected List _extraColumns
Результат List

_fixedMods защищенное свойство

protected List _fixedMods
Результат List

_proteins защищенное свойство

protected Dictionary _proteins
Результат Protein>.Dictionary

_variableMods защищенное свойство

protected Dictionary _variableMods
Результат IMass>.Dictionary