C# Класс CSMSL.IO.PepXML.PepXmlWriter

Наследование: IDisposable
Показать файл Открыть проект Примеры использования класса

Открытые методы

Метод Описание
Dispose ( ) : void
EndSpectrum ( ) : void
PepXmlWriter ( string filePath ) : System
SetCurrentStage ( Stage stage, bool endPreviousStage = true ) : void
StartSearchSummary ( string searchEngine, bool isPrecursorMassMonoisotopic, bool isProductMassMonoisotopic ) : void
StartSpectrum ( int spectrumNumbner, double rt, double precursorNeutralMass, int chargeState, string title = "" ) : void
WriteComment ( string comment ) : void
WriteModification ( IMass modification, ModificationSites sites, bool fixedModification = true ) : void
WritePSM ( PeptideSpectralMatch psm, int hitRank = 1 ) : void
WriteParameter ( string name, string value ) : void
WriteProteinDatabase ( string fastaFilePath, string name = "", string releaseDate = "" ) : void
WriteSampleProtease ( Protease protease ) : void
WriteSearchProtease ( Protease protease, int maxMissedClevages, bool semiDigested = false ) : void

Описание методов

Dispose() публичный метод

public Dispose ( ) : void
Результат void

EndSpectrum() публичный метод

public EndSpectrum ( ) : void
Результат void

PepXmlWriter() публичный метод

public PepXmlWriter ( string filePath ) : System
filePath string
Результат System

SetCurrentStage() публичный метод

public SetCurrentStage ( Stage stage, bool endPreviousStage = true ) : void
stage Stage
endPreviousStage bool
Результат void

StartSearchSummary() публичный метод

public StartSearchSummary ( string searchEngine, bool isPrecursorMassMonoisotopic, bool isProductMassMonoisotopic ) : void
searchEngine string
isPrecursorMassMonoisotopic bool
isProductMassMonoisotopic bool
Результат void

StartSpectrum() публичный метод

public StartSpectrum ( int spectrumNumbner, double rt, double precursorNeutralMass, int chargeState, string title = "" ) : void
spectrumNumbner int
rt double
precursorNeutralMass double
chargeState int
title string
Результат void

WriteComment() публичный метод

public WriteComment ( string comment ) : void
comment string
Результат void

WriteModification() публичный метод

public WriteModification ( IMass modification, ModificationSites sites, bool fixedModification = true ) : void
modification IMass
sites ModificationSites
fixedModification bool
Результат void

WritePSM() публичный метод

public WritePSM ( PeptideSpectralMatch psm, int hitRank = 1 ) : void
psm PeptideSpectralMatch
hitRank int
Результат void

WriteParameter() публичный метод

public WriteParameter ( string name, string value ) : void
name string
value string
Результат void

WriteProteinDatabase() публичный метод

public WriteProteinDatabase ( string fastaFilePath, string name = "", string releaseDate = "" ) : void
fastaFilePath string
name string
releaseDate string
Результат void

WriteSampleProtease() публичный метод

public WriteSampleProtease ( Protease protease ) : void
protease CSMSL.Proteomics.Protease
Результат void

WriteSearchProtease() публичный метод

public WriteSearchProtease ( Protease protease, int maxMissedClevages, bool semiDigested = false ) : void
protease CSMSL.Proteomics.Protease
maxMissedClevages int
semiDigested bool
Результат void