C# Класс ImsInformed.Workflows.LcImsPeptideExtraction.LcImsPeptideSearchWorkfow

The informed workflow.
Показать файл Открыть проект Примеры использования класса

Открытые свойства

Свойство Тип Описание
NumberOfFrames double
NumberOfScans double
_parameters LcImsPeptideSearchParameters
_uimfReader DataReader

Защищенные свойства (Protected)

Свойство Тип Описание
_buildWatershedStopWatch Stopwatch
_featureFindCount double
_featureFindStopWatch Stopwatch
_isotopicPeakFitScoreCalculator PeakLeastSquaresFitter
_leftOfMonoPeakLooker LeftOfMonoPeakLooker
_msFeatureFinder IterativeTFF
_peakDetector ChromPeakDetector
_pointCount double
_smoothStopwatch Stopwatch
_smoother SavitzkyGolaySmoother
_theoreticalFeatureGenerator ITheorFeatureGenerator
_uimfFileLocation string

Открытые методы

Метод Описание
ExtractData ( IEnumerable targetList ) : void
FindFeatures ( double targetMz, int scanLcMin, int scanLcMax ) : IEnumerable
LcImsPeptideSearchWorkfow ( string uimfFileLocation, LcImsPeptideSearchParameters parameters ) : System

Initializes a new instance of the LcImsPeptideSearchWorkfow class.
LcImsPeptideSearchWorkfow ( string uimfFileLocation, LcImsPeptideSearchParameters parameters, IInterpolation netAlignment ) : System

Initializes a new instance of the LcImsPeptideSearchWorkfow class.
PrintFeatureFindStatistics ( ) : void
RunInformedWorkflow ( PeptideTarget target ) : ChargeStateCorrelationResult

The run informed workflow.

Защищенные методы

Метод Описание
FindFeatures ( double targetMz ) : IEnumerable
FindFrameNumberUseForIsotopicProfile ( double targetMz, int scanLcRep, int scanImsRep ) : int
GetMassSpectrum ( int scanLcRep, int scanImsRep, double minMzForSpectrum, double maxMzForSpectrum ) : XYData
WriteMSPeakListToFile ( IEnumerable peakList, double targetMz ) : void
WritePointsToFile ( IEnumerable intensityPointList, double targetMz ) : void
WriteXYDataToFile ( XYData xyData, double targetMz ) : void

Приватные методы

Метод Описание
GetReverseAlignedNet ( double net ) : double

Описание методов

ExtractData() публичный Метод

public ExtractData ( IEnumerable targetList ) : void
targetList IEnumerable
Результат void

FindFeatures() защищенный Метод

protected FindFeatures ( double targetMz ) : IEnumerable
targetMz double
Результат IEnumerable

FindFeatures() публичный Метод

public FindFeatures ( double targetMz, int scanLcMin, int scanLcMax ) : IEnumerable
targetMz double
scanLcMin int
scanLcMax int
Результат IEnumerable

FindFrameNumberUseForIsotopicProfile() защищенный Метод

protected FindFrameNumberUseForIsotopicProfile ( double targetMz, int scanLcRep, int scanImsRep ) : int
targetMz double
scanLcRep int
scanImsRep int
Результат int

GetMassSpectrum() защищенный Метод

protected GetMassSpectrum ( int scanLcRep, int scanImsRep, double minMzForSpectrum, double maxMzForSpectrum ) : XYData
scanLcRep int
scanImsRep int
minMzForSpectrum double
maxMzForSpectrum double
Результат XYData

LcImsPeptideSearchWorkfow() публичный Метод

Initializes a new instance of the LcImsPeptideSearchWorkfow class.
public LcImsPeptideSearchWorkfow ( string uimfFileLocation, LcImsPeptideSearchParameters parameters ) : System
uimfFileLocation string /// The uimf file location. ///
parameters LcImsPeptideSearchParameters /// The parameters. ///
Результат System

LcImsPeptideSearchWorkfow() публичный Метод

Initializes a new instance of the LcImsPeptideSearchWorkfow class.
public LcImsPeptideSearchWorkfow ( string uimfFileLocation, LcImsPeptideSearchParameters parameters, IInterpolation netAlignment ) : System
uimfFileLocation string /// The uimf file location. ///
parameters LcImsPeptideSearchParameters /// The parameters. ///
netAlignment IInterpolation /// The net alignment. ///
Результат System

PrintFeatureFindStatistics() публичный Метод

public PrintFeatureFindStatistics ( ) : void
Результат void

RunInformedWorkflow() публичный Метод

The run informed workflow.
public RunInformedWorkflow ( PeptideTarget target ) : ChargeStateCorrelationResult
target ImsInformed.Targets.PeptideTarget /// The Target. ///
Результат ChargeStateCorrelationResult

WriteMSPeakListToFile() защищенный Метод

protected WriteMSPeakListToFile ( IEnumerable peakList, double targetMz ) : void
peakList IEnumerable
targetMz double
Результат void

WritePointsToFile() защищенный Метод

protected WritePointsToFile ( IEnumerable intensityPointList, double targetMz ) : void
intensityPointList IEnumerable
targetMz double
Результат void

WriteXYDataToFile() защищенный Метод

protected WriteXYDataToFile ( XYData xyData, double targetMz ) : void
xyData XYData
targetMz double
Результат void

Описание свойств

NumberOfFrames публичное свойство

The number of frames.
public double NumberOfFrames
Результат double

NumberOfScans публичное свойство

The number of scans.
public double NumberOfScans
Результат double

_buildWatershedStopWatch защищенное свойство

protected Stopwatch _buildWatershedStopWatch
Результат Stopwatch

_featureFindCount защищенное свойство

The _feature find count.
protected double _featureFindCount
Результат double

_featureFindStopWatch защищенное свойство

The _feature find stop watch.
protected Stopwatch _featureFindStopWatch
Результат Stopwatch

_isotopicPeakFitScoreCalculator защищенное свойство

The _isotopic peak fit score calculator.
protected PeakLeastSquaresFitter _isotopicPeakFitScoreCalculator
Результат PeakLeastSquaresFitter

_leftOfMonoPeakLooker защищенное свойство

The _left of mono peak looker.
protected LeftOfMonoPeakLooker _leftOfMonoPeakLooker
Результат LeftOfMonoPeakLooker

_msFeatureFinder защищенное свойство

The _ms feature finder.
protected IterativeTFF _msFeatureFinder
Результат IterativeTFF

_parameters публичное свойство

The _parameters.
public LcImsPeptideSearchParameters,ImsInformed.Workflows.LcImsPeptideExtraction _parameters
Результат LcImsPeptideSearchParameters

_peakDetector защищенное свойство

The _peak detector.
protected ChromPeakDetector _peakDetector
Результат ChromPeakDetector

_pointCount защищенное свойство

The _point count.
protected double _pointCount
Результат double

_smoothStopwatch защищенное свойство

The _smooth stopwatch.
protected Stopwatch _smoothStopwatch
Результат Stopwatch

_smoother защищенное свойство

The smoother.
protected SavitzkyGolaySmoother _smoother
Результат SavitzkyGolaySmoother

_theoreticalFeatureGenerator защищенное свойство

The _theoretical feature generator.
protected ITheorFeatureGenerator _theoreticalFeatureGenerator
Результат ITheorFeatureGenerator

_uimfFileLocation защищенное свойство

The _uimf file location.
protected string _uimfFileLocation
Результат string

_uimfReader публичное свойство

The _uimf reader.
public DataReader _uimfReader
Результат DataReader