C# Класс CanvasSNV.SNVReviewer

The SNV reviewer takes as input a .vcf file (from the normal sample) and a .bam file (from the paired tumor sample). It processes a particular chromosome at a time. For all variants in the .vcf file that pass our filters, we review the variant allele frequency in the .bam file from the tumor sample. We output that data in tabular format.

Показать файл Открыть проект Примеры использования класса

Защищенные свойства (Protected)

Свойство	Тип	Описание
BamPath	string
Chromosome	string
MinimumMapQ	int
OutputPath	string
VcfPath	string

Открытые методы

Метод	Описание
Run ( ) : int
SNVReviewer ( string chromosome, string vcfPath, string bamPath, string outputPath, int minMapQ ) : System

Защищенные методы

Метод	Описание
LoadVariants ( string vcfPath ) : void	Step 1: Load the normal het SNVs of interest.
ProcessBamFile ( string bamPath ) : void	Step 2: Get the ref and variant allele frequencies for the variants of interest, in the tumor bam file.
WriteResults ( string outputPath ) : void	Step 3: Summarize results to a simple tab-delimited file.

Приватные методы

Метод	Описание
ProcessReadBases ( BamAlignment read, int nextVariantIndex ) : void	Use the CIGAR string to map bases to chromosome positions, and check whether we see the ref base or the variant allele for our variants of interest.

Описание методов

LoadVariants() защищенный метод

Step 1: Load the normal het SNVs of interest.

protected LoadVariants ( string vcfPath ) : void
vcfPath	string
Результат	void

ProcessBamFile() защищенный метод

Step 2: Get the ref and variant allele frequencies for the variants of interest, in the tumor bam file.

protected ProcessBamFile ( string bamPath ) : void
bamPath	string
Результат	void

Run() публичный метод

public Run ( ) : int
Результат	int

SNVReviewer() публичный метод

public SNVReviewer ( string chromosome, string vcfPath, string bamPath, string outputPath, int minMapQ ) : System
chromosome	string
vcfPath	string
bamPath	string
outputPath	string
minMapQ	int
Результат	System

WriteResults() защищенный метод

Step 3: Summarize results to a simple tab-delimited file.

protected WriteResults ( string outputPath ) : void
outputPath	string
Результат	void

Описание свойств

BamPath защищенное свойство

protected string BamPath
Результат	string

Chromosome защищенное свойство

protected string Chromosome
Результат	string

MinimumMapQ защищенное свойство

protected int MinimumMapQ
Результат	int

OutputPath защищенное свойство

protected string OutputPath
Результат	string

VcfPath защищенное свойство

protected string VcfPath
Результат	string