C# Класс Bio.IO.PacBio.PacBioCCSRead

A class representing the consensus sequence generated from multiple subreads. This is produced by the program pbccs and output to a BAM file.
Наследование: ISequence, IQualitativeSequence
Показать файл Открыть проект Примеры использования класса

Открытые свойства

Свойство Тип Описание
AvgZscore float
Barcode1 ushort
Barcode2 ushort
HoleNumber int
Movie string
MutationsApplied int
MutationsTested int
NumPasses int
ProcessingTimeMS float
ReadGroup string
ReadQuality float
Sequence Bio.QualitativeSequence
SnrA float
SnrC float
SnrG float
SnrT float
ZScores float[]

Открытые методы

Метод Описание
GetComplementedSequence ( ) : ISequence
GetEncodedQualityScore ( long index ) : byte
GetEncodedQualityScores ( ) : byte[]
GetEnumerator ( ) : IEnumerator
GetReverseComplementedSequence ( ) : ISequence
GetReversedSequence ( ) : ISequence
GetSubSequence ( long start, long length ) : ISequence
IndexOfNonGap ( ) : long
IndexOfNonGap ( long startPos ) : long
LastIndexOfNonGap ( ) : long
LastIndexOfNonGap ( long endPos ) : long
PacBioCCSRead ( Bio.IO.SAM.SAMAlignedSequence s ) : System

Initializes a new instance of the Bio.IO.PacBio.PacBioCCSRead class. From an initially parsed BAM file.
this ( long index ) : byte

Приватные методы

Метод Описание
System ( ) : System.Collections.IEnumerator

Описание методов

GetComplementedSequence() публичный Метод

public GetComplementedSequence ( ) : ISequence
Результат ISequence

GetEncodedQualityScore() публичный Метод

public GetEncodedQualityScore ( long index ) : byte
index long
Результат byte

GetEncodedQualityScores() публичный Метод

public GetEncodedQualityScores ( ) : byte[]
Результат byte[]

GetEnumerator() публичный Метод

public GetEnumerator ( ) : IEnumerator
Результат IEnumerator

GetReverseComplementedSequence() публичный Метод

public GetReverseComplementedSequence ( ) : ISequence
Результат ISequence

GetReversedSequence() публичный Метод

public GetReversedSequence ( ) : ISequence
Результат ISequence

GetSubSequence() публичный Метод

public GetSubSequence ( long start, long length ) : ISequence
start long
length long
Результат ISequence

IndexOfNonGap() публичный Метод

public IndexOfNonGap ( ) : long
Результат long

IndexOfNonGap() публичный Метод

public IndexOfNonGap ( long startPos ) : long
startPos long
Результат long

LastIndexOfNonGap() публичный Метод

public LastIndexOfNonGap ( ) : long
Результат long

LastIndexOfNonGap() публичный Метод

public LastIndexOfNonGap ( long endPos ) : long
endPos long
Результат long

PacBioCCSRead() публичный Метод

Initializes a new instance of the Bio.IO.PacBio.PacBioCCSRead class. From an initially parsed BAM file.
public PacBioCCSRead ( Bio.IO.SAM.SAMAlignedSequence s ) : System
s Bio.IO.SAM.SAMAlignedSequence S.
Результат System

this() публичный Метод

public this ( long index ) : byte
index long
Результат byte

Описание свойств

AvgZscore публичное свойство

The average Z-score for all subreads.
public float AvgZscore
Результат float

Barcode1 публичное свойство

The first barcode found. Only available if CCS is built with DIAGNOSTICS defined and the file contained barcodes.
public ushort Barcode1
Результат ushort

Barcode2 публичное свойство

The second barcode found. Only available if CCS is built with DIAGNOSTICS defined and the file contained barcodes.
public ushort Barcode2
Результат ushort

HoleNumber публичное свойство

What is the hole number for the ZMW.
public int HoleNumber
Результат int

Movie публичное свойство

The name of the movie this CCS read came from.
public string Movie
Результат string

MutationsApplied публичное свойство

The number of mutations applied during polishing. Only available if CCS is built with DIAGNOSTICS defined.
public int MutationsApplied
Результат int

MutationsTested публичное свойство

The number of mutations tested during polishing. Only available if CCS is built with DIAGNOSTICS defined.
public int MutationsTested
Результат int

NumPasses публичное свойство

The number of subreads that were used to generate the consensus sequence.
public int NumPasses
Результат int

ProcessingTimeMS публичное свойство

The amount of time it took to process the ZMW to generate consensus. Only available if CCS is built with DIAGNOSTICS defined.
public float ProcessingTimeMS
Результат float

ReadGroup публичное свойство

The read group.
public string ReadGroup
Результат string

ReadQuality публичное свойство

A measure of CCS read quality
public float ReadQuality
Результат float

Sequence публичное свойство

The consensus sequence and associated QV values.
public QualitativeSequence,Bio Sequence
Результат Bio.QualitativeSequence

SnrA публичное свойство

The SNR of the A Channel
public float SnrA
Результат float

SnrC публичное свойство

The SNR of the C Channel
public float SnrC
Результат float

SnrG публичное свойство

The SNR of the G Channel
public float SnrG
Результат float

SnrT публичное свойство

The SNR of the T Channel
public float SnrT
Результат float

ZScores публичное свойство

An array of Z-scores for each subread added. Subreads that were not added are report as Double.NaN values.
public float[] ZScores
Результат float[]